ıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda Sunulan Hizmetler:

Merkez Mikrobiyoloji Tanı Laboratuarı: 

Hastanemizin D blok 4. katında Prof.Dr.Nedim Sultan ve Doç.Dr.Kayhan Çağlar sorumluluğunda yürütülen rutin klinik mikrobiyoloji laboratuar hizmetleri verilmektedir. Bu laboratuarda hastanemizin poliklinik ve kliniklerinden gönderilen hasta klinik örneklerinde konvansiyonel yöntemlerle mikrobiyolojik tanı çalışmaları yapılmaktadır. Laboratuarımızda kültür, boyalı ve boyasız direkt mikroskopik incelemeler, serolojik çalışmalar yapılmaktadır. Mikroskopik incelemelerin sonuçları aynı gün sonuçlandırılarak bilgisayar sonuç alma kısmına girilmektedir. Boğaz kültürü dışındaki kültür sonuçları iki gün sonra verilmektedir. Kan kültürü otomatik kan kültür cihazından saatlik takip edilmekte ve pozitif sinyal alındığında pasaj ve antibiyogram işlemi yapılmaktadır. ASO, CRP ve RF testleri nefelometrik olarak çalışılmakta ve nefelometrik sistem için her yıl düzenli olarak uluslararası kalite kontrolleri kullanılmaktadır. Diğer serolojik işlemler elde manuel olarak çalışılmaktadır, bu testler bekletilmeden aynı gün sonuçlandırılmakta ve sonuç elde edilir edilmez sisteme girilmektedir. Gruber-widal ve Brucella aglütinasyon testleri önce tarama testinden geçirilmekte, eğer sonuç negatif çıkarsa hemen sisteme girilmekte, eğer tarama testi pozitif çıkarsa tüp aglütinasyonuna alınmakta ve ertesi gün sonuçlandırılmaktadır. 

Merkez mikrobiyoloji laboratuarı hafta sonları ve resmi tatil günleri dahil olmak üzere 24 saat hizmet vermekte olup, haftanın 7 günü 24 saat nümune kabulu yapılmaktadır. Gece mesaisinde ve hafta sonu ile resmi tatillerde tüberküloz kültürü dışındaki tüm kültür işlemleri yapılmakta ve acil CRP talepleri de nefelometrik yöntemle çalışılmaktadır. Hafta sonları ve resmi tatillerde saat 08:30-17:30 arasında mikrobiyoloji araştırma görevlileri de nöbet tumakta ve kültürler ile acil mikroskopik inceleme işlemlerini gerçekleştirmektedirler.

İmmünoloji Tanı Laboratuarı: 
İmmünoloji laboratuarı Prof.Dr.Turgut İmir sorumluluğunda yürütülmektedir. Laboratuar hastanemizin C blok 4. katında yer almaktadır. Laboratuarımızda hastanemiz gereksinimi olan rutin immünolojik testler yapılmaktadır. Bu testler nefelometrik serum proteinleri ölçümü (15 parametre, yıllık ortalama 20.500 test), enfeksiyon hastalıkları grubu (36 parametre, yıllık ortalama 275.000 test), oto-immünite grubu (18 parametre, yıllık ortalama 30.000 test) olup 69 parametre ile yıllık ortalama 325.500 test yapılmaktadır.

Moleküler Viroloji Tanı Laboratuarı: 
Anabilim Dalımızda Viroloji biriminde, Prof.Dr. Seyyal Rota başkanlığında Doç.Dr. Gülendam Bozdayı ve Doç.Dr.Işıl Fidan görev yapmaktadır. Birimimizde, Prof.Dr. Seyyal Rota’nın sorumlu olduğu moleküler viroloji tanı laboratuvarı yer almaktadır. Laboratuar Dekanlık Binası 2. katta faaliyet göstermektedir. Tanı laboratuvarımızda yılda yaklaşık 11.000 klinik örnek çalışılmaktadır. Laboratuarımızda viral enfeksiyon etkenlerinin hızlı ve güvenilir tanısı amacıyla viral nükleik asit saptanmasına yönelik moleküler yöntemlerden polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), hibridizasyon yöntemi gibi metodlar kullanılmaktadır. Bu amaçla; otomatize ve standardize edilmiş test sistemleri kullanılmaktadır. Çalışılan kitlerin tamamı CE belgelidir. Viral nükleik asit çoğaltma yöntemi olarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR) kullanılmakta ve böylece viral nükleik asitler kalitatif ve kantitatif olarak saptanabilmektedir. 

Laboratuvarımızda viral etkenlere ait nükleik asitler serum, plazma, doku, idrar, BOS gibi çok farklı klinik örneklerden, kontaminasyonun en aza indirilmesi amacıyla tamamen otomatize olan ekstraksiyon sistemleriyle izole edilmekte ve daha sonra viral nükleik asitler otomatize amplifikasyon cihazlarında çoğaltılmaktadır. Çalışılan sistemlerin tamamen kapalı sistemler olması nedeniyle, oluşabilecek kontaminasyon en az düzeye indirgenmektedir. Laboratuvarımızda bulunan 2 ayrı tam otomatize ekstraksiyon cihazı aracılığıyla viral nükleik asit kaybının önlenmesi sağlanmakta, bu sayede en yüksek düzeyde nükleik asit elde edilmekte ve standardize protokollerle uygun ve güvenilir olarak nükleik asit izolasyonu sağlanmaktadır. Bu izolasyon sistemleriyle aynı anda çok sayıda klinik örnek çalışılabilmektedir. Laboratuvarımızda real-time analizi için, viral enfeksiyon etkenlerinin kısa sürede hızlı tanısını, güvenilir ve kantitatif olarak takip edilmesini sağlayan termo-optik analiz cihazları kullanılmaktadır. 
Rutin moleküler viroloji tanı laboratuvarında, laboratuvar çalışanlarına sürekli olarak hizmet içi eğitim uygulanmakta ve bu sayede güvenilir sonuçların elde edilmesi sağlanmaktadır. Laboratuvarımızda kullanılan cihazlarda son teknolojik gelişimler takip edilmekte ve bu cihazların sürekli olarak bakım ve kalibrasyonları yapılmaktadır. 

Laboratuvarımızda, elde ettiğimiz sonuçların güvenilirliğini test etmek amacıyla, farklı kalite kontrol programları uygulanmaktadır. Bu amaçla, laboratuvarımızda yapılan her çalışma için internal kalite kontroller kullanılmaktadır. Aynı zamanda, laboratuvarımızda uluslararası dış kalite kontrol programları uygulanmakta, bu amaçla Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD) aracılığıyla belirli aralıklarla yurtdışından gönderilen örnekler laboratuvarımızda çalışılmaktadır. Bu sayede, laboratuvarımızda uluslararası kalite kontrol kurumlarınca kabul edilen standartlara uygun, güvenilir hasta sonuçlarının elde edilmesi sağlanmaktadır. 
Laboratuvarımızda sık olarak görülen viral hastalıkların etkenlerin tanısına yönelik Real-time PCR yöntemi uygulanmasının yanısıra, son yıllarda özellikle kemik iliği transplant alıcılarında önemli enfeksiyon etkenleri olan insan Polyomavirus enfeksiyonlarından JC virus ve BK virus tanısına yönelik Real-time PCR çalışmaları da yapılmaktadır. 

Rutin moleküler viroloji laboratuvarında aşağıda belirtilen viral etkenlere yönelik Real-time PCR yöntemleri uygulanmaktadır;

*Hepatit B virus
*Hepatit C virus
*Herpes simpleks virus 1
* Herpes simpleks virus 2
*Herpes simpleks virus 6
*Epstein-Barr virus (EBV)
*Cytomegalovirus (CMV)
*Adenovirus
*RSV
*BK virus
*JC virus
*Human papilloma virus (HPV)
*Parvovirus

Laboratuvarımızda özellikle transplantasyon hastaları için önemli risk faktörü oluşturan Cytomegalovirus (CMV) enfeksiyonlarının tanısı hızla yapılmakta ve bu hastaların sonuçları bir gün gibi kısa bir sürede hızlı ve güvenilir olarak bildirilmektedir. Aynı zamanda, kantitatif olarak bildirdiğimiz sonuçlar sayesinde klinikte hastaların tedavilerinin takibi de sağlanabilmektedir.
Moleküler viroloji tanı laboratuvarında viral enfeksiyon etkenlerinin tanısına yönelik çalışmalar dışında; viral etkenlerde genotip belirlenmesi ve ilaç dirençleri çalışmaları da yapılmaktadır.

Viroloji birimizde rutin çalışmalar dışında, pek çok fakülte ve kliniklerle birlikte yürütülen çeşitli proje çalışmaları da yapılmaktadır. Uluslararası düzeyde ve ayrıca BAP, TÜBİTAK gibi kuruluşlar tarafından desteklenen tamamlanmış ve devam eden çeşitli proje çalışmaları mevcuttur. Ayrıca Viroloji birimi öğretim üyelerimizin düzenlenmesinde görev aldığı 2009 Avrupa Viroloji Kongresi Türkiye’de Eylül ayı içerisinde gerçekleştirilecektir.

Parazitoloji Tanı Laboratuvarı

Parazitoloji laboratuarı Prof.Dr. Semra Kuştimur ve Yrd.Doç. Dr. Funda Doğruman Al sorumluluğunda yürütülmektedir. Laboratuar Dekanlık Binası 2. katta faaliyet göstermektedir. Anabilim Dalı’mızda hizmet veren Parazitoloji Laboratuvarı’nda rutin hizmet kapsamında Gazi Hastanesi poliklinik ve kliniklerinden gönderilen dışkı örneklerinin mikroskobik olarak incelenmesinde, direk mikroskobik incelemenin yanında parazitlerin trofozoit, kist ve yumurtalarının belirlenebilmesi amacıyla trikrom boyama ve asit fast boyama yöntemleri sonucunda mikroskobik inceleme yapılmaktadır. Dışkıda Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis ve Cryptosporidium parvum protozoonlarına ait antijenler ELISA yöntemiyle aranmaktadır. Ayrıca dışkıda Giardia intestinalis’e ve Cryptosporidium parvum’a ait antijenler direk floresan antikor yöntemiyle de floresan mikroskobunda belirlenmektedir. Kist hidatik etkeni olan Echinococcus granulosus’a yönelik antikorlar hasta serumlarında ELISA yöntemiyle tespit edilmektedir. Toxoplasma gondii için protozoonun DNA’sı vücut sıvılarında (BOS, amnion, plevral efüzyon vs.), kanda ve dokuda geçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle saptanmaktadır. Belirtilen rutin hizmet kapsamında yapılan testler dışında Blastocystis spp. protozoonunun gastrointestinal hastalıklardaki etyopatogenezine yönelik olarak Blastocystis Research Foundation (USA) ile işbirliği kapsamında çalışmalar devam etmektedir. Aynı zamanda Japon araştırmacı ve öğretim üyesi Dr. Hisao Yoshikawa (Nara Women’s University Faculty of Science Deparment of Biological Science, Kiatuoya-Nara Japan) ile işbirliği kapsamında yine Blastocystis spp. konusunda yapılan çalışmalar devam etmektedir. Plasmodium berghei ile oluşturulan hayvan sıtma modeli ile Toxoplasma gondii ile oluşturulan hayvan toksoplazmoz modelleri üzerinde etyopatogenez ve tanıta yönelik araştırmalar devam etmektedir.

Mikoloji Tanı Laboratuarı: 

Mikoloji laboratuvarı hizmeti Prof. Dr. Semra Kuştimur ve Doç. Dr. Ayşe Kalkancı tarafından yürütülmektedir. Bu birimimizde mantar hastalıklarının tanısına yönelik olarak direk mikroskobi, kültür ve serolojik yöntemler ile yapılan klasik tanı yanında, Türkiye’de ilk kez tarafımızdan rutin tanıya kazandırılmış moleküler yöntemler de uygulanmaktadır. Mikoloji laboratuvarının 2008 yılı için örnek yükü 3500 civarında olup, her yıl artmaktadır. Rutin hasta hizmeti dışında moleküler yöntemlerin eklendiği çok sayıda araştırma yürütülmektedir. Dünyada ilk defa insanlardan izole edilen bir küf mantarı tarafımızdan yayımlanmıştır. Bunun yanında çok sayıda nadir olgunun bildirildiği makalelerimiz bulunmaktadır. Mantar hastalıklarının tanısı, virülans faktörleri, antifungal duyarlılık testleri için yapılan in vitro çalışmalar yanında, deneysel modeller de araştırma konularımızdır. Bu alanlarda BAP ve TÜBİTAK projeleri yapılmış ve yapılmakta olup, ayrıca bu yıl Gazi Üniversitesi için bir ilk gerçekleştirilmiş ve Avrupa Birliği 7.Çerçeve Programı “Programme “FP7 Cooperation Work Programme: Food, Agriculture and Fisheries, and Biotechnologies” başlığı altında desteklenecek olan “Call identifier: “FP7-KBBE-2008-2B” Proposal No 227258” kodlu “BIOHYPO: Confronting the clinical relevance of biocide induced antibiotic resistance” projesinin mikoloji sorumluluğu anabilim dalımız tarafından gerçekleştirilecektir.

Moleküler Bakteriyoloji Tanı Laboratuarı: 

Moleküler Bakteriyoloji Tanı Laboratuarı Doç.Dr.Meltem Yaınay Çırak sorumluluğunda yürütülmektedir. Laboratuar Dekanlık Binası 2. katta faaliyet göstermektedir. Laboratuvarımızda moleküler tanı testleri ile çeşitli bakterilerin tanımlanması ve genetik analizleri ve antimikrobiyal direncinin moleküler olarak saptanması yapılmaktadır. Moleküler tanı amacı ile PCR, real time-PCR, hibridizasyon sistemleri (Line probe assay) ve DNA dizi analizi kullanılmaktadır. 

Moleküler tanı yöntemleri, zor ve güç üreyen mikroorganizmlardan başta Helicobacter pylori ve klaritromisin direnci, Mycobacterium tuberculosis ve diğer mikobakteri tipleri, Mycobacterium tuberculosis rifampin ve izoniyazid moleküler direnç saptanması, cinsel yolla bulaşan bakteriyel etkenlerden Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhae, atipik pnömoni etkenleri ve toplumdan kazanılmış pnömoni etkenlerinden Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae ve diğer bakterilerden Brucella türleri, Legionella pneumoniae, Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma genitalium’un tanısı ve metisilin direncinin mecA genini moleküler olarak tanımlanması ile saptanması amacıyla kullanılmaktadır. 

DNA dizi analizi konvansiyonel tanı testleri ile adı konulamayan mikroorganizmaların 16S rRNA bölgesinin sekans analizi yolu ile adlandırılması konusunda ve zorlayıcı tanımlanamayan enfeksiyon hastalık tanılarının aydınlatılmasında çok fayda sağlamaktadır.
Laboratuvarda proje kapsamında çalışılmakta olan proteomiks çip teknoloji sistemleri bulunmaktadır. Multidisipliner projede meme, prostat ve over kanser erken evre belirleyicilerinin tanısı üzerine çalışılmaktadır.