2 Ekim 1979’ da Ankara İktisadi Ticari İlimler Akademisi (AİTİA)’ne bağlı Tıp Fakültesi’nin açılması ile Fizyoloji eğitimi, AİTİA'nın Eczacılık Yüksek Okulu bünyesindeki sınıflarda başlamıştır.

Fizyoloji Anabilim Dalı’nın ilk başkanlığını Tıp Fakültesi kurucu üyelerinden Doç. Dr. Övsev Dörtlemez ve asistanlığını Ecz. Atilla Ballı yapmıştır. Fizyoloji derslerine 1980-1981 ders yılında 18 öğrenci ile başlanmış; aynı dönemde Dr. Aydan Babül öğretim görevlisi olarak Fizyoloji AD kadrosuna atanmıştır.

Doç. Dr. Övsev Dörtlemez, Doç. Dr. Halis Dörtlemez, Doç. Dr. Rana Olguntürk, Doç. Dr. Türkiz Gürsel ve Doç. Dr. Ali İhsan Baysal Fizyoloji derslerinin yürütülmesine destek olmuşlardır. Bu dönemde AİTİA Eczacılık ve Diş Hekimliği Fakülteleri Fizyoloji dersleri de yürütülmüştür.

20 Temmuz 1982 tarih ve 41 sayılı KHK ile "Gazi Üniversitesi" ve "Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi" kurulması kabul edilmiştir. Anabilim dallarının oluşturulmasını takiben, Fizyoloji Anabilim Dalı Başkanlığı’na Yrd. Doç. Dr. Aydan Babül atanmıştır. Aynı yıl Sağlık Bilimleri Enstitüsü kurularak Yüksek Lisans ve Doktora eğitimi, Doç. Dr. Rana Olguntürk, Yrd. Doç. Dr. Aydan Babül ve Yrd. Doç. Dr. Necla Öztürk (H.Ü.) tarafından başlatılmıştır.

Diş Hekimi Deniz Erbaş ve Uzm. Fzt. Lamia Pınar Yanıçoğlu, 1983 yılında Araştırma Görevlisi olarak; Doç. Dr. Bilge Gönül ise 1985 yılında öğretim üyesi olarak kadroya katılmışlardır.

Temel Tıp Bilimleri Bölümü içinde yer alan Fizyoloji AD, 1989 yılında Tıp Fakültesi Beşevler yerleşkesinde tamamlanan Dekanlık Binası'na taşınmış,  yeni araştırma ve öğrenci laboratuvarları oluşturulmuştur.

Dr. Sibel Dinçer, 1990 yılında;  Dr. Eser Öz, 1992 yılında; Dr. Gonca Akbulut, 1994 yılında; Dr. Çiğdem Özer, 1997 yılında;  Bio. Şevin Güney, 1999 yılında;  Dr. Tayfun Göktaş,  2003  yılında Araştırma görevlisi olarak Fizyoloji Anabilim Dalı kadrosuna katılmışlardır.  

Prof. Dr. Bilge Gönül, 2007 yılında ve Prof. Dr. Aydan Babül, 2013 yılında emekli olarak; Prof. Dr. Eser Öz Oyar,  2012 yılında başka bir üniversiteye geçerek bölümden ayrılmışlardır.

Kuruluşundan bu yana sırasıyla Prof. Dr. Aydan Babül (1982-1986), Prof. Dr. Bilge Gönül (1986-2003),     Prof. Dr. Deniz Erbaş (2003-2009),  Prof. Dr. Aydan Babül (2009-2013),  Prof. Dr. Lamia Pınar (2013-2017)  Anabilim Dalı Başkanlığı görevlerinde bulunmuşlardır. 2017 yılında Prof. Dr. Sibel Dinçer Anabilim Dalı Başkanlığı görevine atanmış olup  halen bu görevini sürdürmektedir.

2017 yılı itibariyle Fizyoloji Anabilim Dalı kadrosunda Prof. Dr. Deniz Erbaş, Prof. Dr. Lamia Pınar,  Prof. Dr. Sibel Dinçer, Prof. Dr. Gonca Akbulut, Prof. Dr. Çiğdem Özer, Doç. Dr. Şevin Güney,  Uzm. Dr. Tayfun Göktaş,  Uzm. Dr. Pelin Özdemir (zorunlu hizmet) ile Arş. Gör. Dr. A. Hulusi Yeşil yer almaktadır.