Uygulama Araştırma

Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarları:
Ana Bilim Dalımızdaki öğretim üyeleri tarafından yürütülen Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarları bünyesinde Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı ve Tıbbi Viroloji Laboratuvarı yer almaktadır. Bu laboratuvarlarda rutin klinik mikrobiyoloji laboratuvar tanı hizmetleri verilmektedir. Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarının ruhsat sorumluluğu Prof.Dr.Kayhan Çağlar tarafından yürütülmektedir. Anabilim Dalımız bünyesindeki öğretim üyelerinin hepsi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında rutin tanı hizmetinin yürütülmesinde görev almaktadırlar.

Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarı:
Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarımız hastanemizin D blok 4. katında laboratuar tanı hizmetleri vermektedir. Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında hastanemizin poliklinik ve kliniklerinden gönderilen hasta klinik örneklerinde klasik/konvansiyonel yöntemlerle mikrobiyolojik tanı çalışmaları yapılmaktadır. Moleküler tanı çalışmaları Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarında ve Tıbbi Viroloji Laboratuvarında yürütülmektedir. Laboratuarımızda bakteriyolojik kültürler, kan kültürü, antibiyotik duyarlılık testleri, boyalı ve boyasız mikroskopik incelemeler, parazitolojik incelemeler, mikolojik çalışmalar, mikobakteriyel incelemeler ve serolojik çalışmalar gibi çeşitli tanı testleri yapılmaktadır.
Bütün bu testlerin ne zaman sonuçlanacağı, örnek gönderme ve red koşulları laboratuvar test rehberimizde yer almaktadır. Kan kültürü otomatik kan kültür cihazından saatlik takip edilmekte ve pozitif sinyal alındığında ortomatize yöntemlerle tiplendirme ve antibiyotik duyarlılık işlemleri yapılmaktadır. ASO, CRP ve RF testleri nefelometrik olarak çalışılmakta ve nefelometrik sistem için her yıl düzenli olarak uluslararası kalite kontrolleri kullanılmaktadır. Diğer serolojik işlemler manuel olarak çalışılmakta ve genellikle aynı gün sonuçlandırılmaktadır.
Merkez Mikrobiyoloji Laboratuarı hafta sonları ve resmi tatil günleri dahil olmak üzere 24 saat hizmet vermekte olup, haftanın 7 günü 24 saat nümune kabulu yapılmaktadır. Gece mesaisinde ve hafta sonu ile resmi tatillerde tüberküloz kültürü dışındaki tüm kültür işlemleri yapılmakta ve acil CRP talepleri de nefelometrik yöntemle çalışılmaktadır. Hafta sonları ve resmi tatillerde saat 08:30-17:30 arasında mikrobiyoloji araştırma görevlileri de nöbet tumakta ve kültürler ile acil mikroskopik inceleme işlemlerini gerçekleştirmektedirler.
 

Tıbbi Viroloji Laboratuvarı:
Hastanemiz Tıbbi Viroloji Laboratuvarı 2019 yılında kurulmuş olup; Mart 2020 tarihinde başlayan Covid pandemisi ve SARS-CoV-2 virusunun bulaşıcılığı sebebiyle hastanemizin C Blok 5. katına “Tıbbi Viroloji ve Covid 19 Laboratuvarı” olarak taşınmıştır. Tıbbi Viroloji Laboratuvarı bu tarihten itibaren yeni yerinde faaliyet göstermektedir.
Laboratuvarımızda, COVID-19 pandemisinin ortaya çıkması sonrasında hızlı bir şekilde 7 gün/24 saat kesintisiz olarak hizmet verilmeye başlanmış ve 20 Şubat 2020 tarihinde SARS-CoV-2 Moleküler Tanısına yönelik olarak Real-Time PCR çalışmalarına başlanılmıştır. 19 Mart 2020 tarihinde, Türkiye Halk Sağlığı Kurumu tarafından Laboratuvarımız SARS-CoV-2 tanısı için yetkilendirilmiştir. Nisan 2020 tarihinden itibaren ise, enfeksiyon geçiren hastaların taranması ve aşılama sonrası SARS-CoV-2 antikor düzeylerinin belirlenmesi amacıyla laboratuvarımızda ELISA testleri çalışılmaya başlanmıştır. Pandemi süreci boyunca hastaların ve hastane personelimizin COVID-19 testlerinin hızlı olarak ve aynı gün içerinde sonuçlarının alınması konusunda tüm laboratuvar organizasyonları yapılmış ve kesintisiz olarak yoğun bir şekilde çalışılmıştır ve bu konuda çalışmalarımız devam etmektedir.

Tıbbi Viroloji Laboratuvarımızda dünya standartlarına uygun teknolojiler kullanılarak viral enfeksiyonların moleküler yöntemlerle hızlı ve doğru tanısı yapılmaktadır.Laboratuvarımızda Real- Time PCR analizi için, viral enfeksiyon etkenlerinin kısa sürede hızlı tanısının, güvenilir ve kantitatif olarak takip edilmesini sağlayan PCR cihazları kullanılmaktadır. Laboratuvarımızda viral etkenlere ait nükleik asitler; serum, plazma, doku, idrar, BOS gibi çok farklı klinik örneklerden, kontaminasyonun en aza indirilmesi amacıyla tamamen otomatize olan ekstraksiyon sistemleriyle izole edilmekte ve daha sonra viral nükleik asitler otomatize amplifikasyon cihazlarında çoğaltılmaktadır. Bu izolasyon sistemleriyle aynı anda çok sayıda klinik örnek çalışılabilmektedir.

Rutin moleküler viroloji tanı laboratuvarında, laboratuvar çalışanlarına sürekli olarak hizmet içi eğitim uygulanmakta ve bu sayede güvenilir sonuçların elde edilmesi sağlanmaktadır. Laboratuvarımızda kullanılan cihazlarda son teknolojik gelişimler takip edilmekte ve bu cihazların sürekli olarak bakım ve kalibrasyonları yapılmaktadır. Laboratuvarımızda, elde ettiğimiz sonuçların güvenilirliğini test etmek amacıyla, farklı kalite kontrol programları uygulanmaktadır. Bu amaçla, yapılan her test için internal kalite kontrolleri ve aynı zamanda, ulusal/uluslararası dış kalite kontrol programları uygulanmakta, bu amaçla Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD) ve Moleküler Tanıda Dış Kalite Kontrol (MOTAKK) aracılığıyla belirli aralıklarla gönderilen örnekler çalışılmaktadır. Bu sayede, ulusal/uluslararası kalite kontrol kurumlarınca kabul edilen standartlara uygun, güvenilir hasta sonuçlarının elde edilmesi sağlanmaktadır.

Rutin Tıbbi Viroloji Laboratuvarında aşağıda belirtilen viral etkenlere yönelik Real-Time PCR yöntemleri uygulanmaktadır;
Coronavirus (SARS-CoV-2), Hepatit B virusu (HBV), Hepatit C virusu (HCV), Sitomegalovirus (CMV), Epstein-Barr-Virus (EBV), Herpes simplex Virus-1 ve 2 (HSV-1/2), Parvovirus B19, Human Papillomavirus (HPV), Polyoma virus (BKV ve JCV), İnsan immün yetmezlik virusu (HIV/AIDS) gibi virusların tanısı kalitatif ve/veya kantitatif olarak PCR, Real-Time PCR, multipleks Real-Time PCR, DNA dizi analizi (Sekanslama) gibi nükleik asit bazlı yöntemlerle yapılmaktadır. Enfeksiyon etkenleri Multipleks PCR panel sistemleriyle “hızlı ve güvenilir” olarak (90 dakika içerisinde) çalışılmaktadır.
Bunlar:
-Meningoensefalit Panel Test (Enterovirus, HSV 1 ve HSV 2, HHV6, Human parechovirus, Varicella zoster virüs)
-Gastrointestinal Sistem Panel Test (İnsan Adenovirus 40/41, Norovirus GI, GII, Rotavirus A, Astrovirus, Sapovirus GI, GII, GIV, GV)
-Solunum yolu Panel Test (Influenza A, Influenza A subtype H1N1/2009, Influenza A subtype H1, Influenza A subtype H3, Influenza B, Coronavirus 229E, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus OC43, Parainfluenza virus 1, Parainfluenza virus 2, Parainfluenza virus 3, Parainfluenza virus 4, Respiratory Syncytial virus A/B, human Metapneumovirus A/B, Adenovirus, Bocavirus, Rhinovirus/Enterovirus).
-Solunum Yolu Hızlı Panel Test (Influenza A, Influenza A subtype H1N1/2009, Influenza A subtype H1, Influenza A subtype H3, Influenza B, Sars-CoV-2, Coronavirus 229E, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus OC43, Parainfluenza virus 1, Parainfluenza virus 2, Parainfluenza virus 3, Parainfluenza virus 4, Respiratory Syncytial virus A/B, human Metapneumovirus A/B, Adenovirus, Bocavirus, Rhinovirus/Enterovirus,) Laboratuvarımızda özellikle transplantasyon (kemik iliği ve solid organ) hastaları için önemli risk faktörü oluşturan Cytomegalovirus (CMV), BK-JC virus enfeksiyonlarının tanısı hızla yapılmakta ve bu hastaların sonuçları bir gün gibi kısa bir sürede bildirilmektedir. Aynı zamanda, kantitatif olarak bildirdiğimiz sonuçlar sayesinde (HBV, HCV, CMV, EBV, BK) klinikte hastaların tedavilerinin takibi de sağlanabilmektedir.
Tıbbi Viroloji Laboratuvarında viral enfeksiyon etkenlerinin tanısına yönelik çalışmalar dışında; viral etkenlerde genotip belirlenmesi ve ilaç dirençleri çalışmaları da yapılmaktadır.
 

Mikoloji Laboratuvarı:
Mikoloji laboratuvarı hizmeti Prof.Dr.Ayşe Kalkancı tarafından yürütülmektedir. Bu birimimizde mantar hastalıklarının tanısına yönelik olarak direk mikroskobi, kültür ve serolojik yöntemler ile yapılan klasik tanı yanında, Türkiye’de ilk kez tarafımızdan rutin tanıya kazandırılmış moleküler yöntemler de uygulanmaktadır. Mikoloji Laboratuvarımızdaki klasik tanı yöntemleri Merkez Laboratuvarı bünyesinde, moleküler tanı yöntemleri ise Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı bünyesinde
yürütülmektedir.
Mikoloji laboratuvarının klinik örnek yükü her yıl artış göstermektedir. Rutin hasta hizmeti dışında moleküler yöntemlerin eklendiği çok sayıda araştırma yürütülmektedir. Dünyada ilk defa insanlardan izole edilen bir küf mantarı tarafımızdan yayımlanmıştır. Bunun yanında çok sayıda nadir olgunun bildirildiği makalelerimiz bulunmaktadır. Mantar hastalıklarının tanısı, virülans faktörleri, antifungal duyarlılık testleri için yapılan in vitro çalışmalar yanında, deneysel modeller de araştırma konularımızdır. Bu alanlarda BAP ve TÜBİTAK projeleri yapılmış ve yapılmakta olup, ayrıca Gazi Üniversitesi için bir ilk gerçekleştirilmiş ve Avrupa Birliği 7.Çerçeve Programı “Programme “FP7 Cooperation Work Programme: Food, Agriculture and Fisheries, and Biotechnologies” başlığı altında desteklenecek olan “Call identifier: “FP7-KBBE-2008-2B” Proposal No 227258” kodlu “BIOHYPO:
Confronting the clinical relevance of biocide induced antibiotic resistance” projesinin mikoloji sorumluluğu Ana Bilim Dalımız tarafından gerçekleştirilmiştir.
 

Parazitoloji Laboratuvarı:
Mikoloji laboratuvarı hizmeti Prof.Dr.Funda Doğruman Al tarafından yürütülmektedir. Parazitoloji Laboratuvarımızdaki klasik tanı yöntemleri Merkez Laboratuvarı bünyesinde, moleküler tanı yöntemleri ise Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı bünyesinde yürütülmektedir.

Anabilim Dalı’mızda hizmet veren Parazitoloji Laboratuvarı’nda rutin hizmet kapsamında Gazi Hastanesi poliklinik ve kliniklerinden gönderilen dışkı örneklerinin mikroskobik olarak incelenmesinde, direk mikroskobik incelemenin yanında parazitlerin trofozoit, kist ve yumurtalarının belirlenebilmesi amacıyla trikrom boyama ve asit fast boyama yöntemleri sonucunda mikroskobik inceleme yapılmaktadır. Dışkıda Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis ve Cryptosporidium parvum protozoonlarına ait antijenler ELISA yöntemiyle aranmaktadır. Ayrıca dışkıda Giardia intestinalis’e ve Cryptosporidium parvum’a ait antijenler direk floresan antikor yöntemiyle de floresan mikroskobunda belirlenmektedir. Kist hidatik etkeni olan Echinococcus granulosus’a yönelik antikorlar hasta serumlarında ELISA yöntemiyle tespit edilmektedir. Toxoplasma gondii için protozoonun DNA’sı vücut sıvılarında (BOS, amnion, plevral efüzyon vs.), kanda ve dokuda geçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle saptanmaktadır. Belirtilen rutin hizmet kapsamında yapılan testler dışında Blastocystis spp. protozoonunun gastrointestinal hastalıklardaki etiyopatogenezine yönelik olarak Blastocystis Research Foundation (USA) ile işbirliği kapsamında çalışmalar yürütülmüştür. Aynı zamanda Japon araştırmacı ve öğretim üyesi Dr. Hisao Yoshikawa (Nara Women’s University Faculty of Science Deparment of Biological Science, Kiatuoya-Nara Japan) ile işbirliği kapsamında yine Blastocystis spp. konusunda çalışmalar ve Plasmodium berghei ile oluşturulan hayvan sıtma modeli ile Toxoplasma gondii ile oluşturulan hayvan toksoplazmoz modelleri üzerinde etyopatogenez ve tanıya yönelik araştırmalar gerçekleştirilmiştir.

Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı:
Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarımız hastanemizin D blok 4. katında laboratuar tanı hizmetleri verilmektedir. Anabilim Dalımız bünyesindeki öğretim üyelerinin hepsi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında rutin tanı hizmetinin yürütülmesinde görev almaktadırlar. Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında virus, mantar, bakteri ve paraziter etkenlerin moleküler tanısı yapılmaktadır. 2020 tarihinde başlayan Covid pandemisi ve SARS-CoV-2 virusunun bulaşıcılığı sebebiyle, virus etkenlerinin tanısı için hastanemizin D Blok 5. katında Tıbbi Viroloji Laboratuvarı kurulmuştur. Tıbbi Viroloji Laboratuvarı bu tarihten itibaren yeni yerinde faaliyet göstermektdir. Mantar, parazit ve bakteriyel etkenlerin moleküler tanısı ile ilgili çalışmalar yine 4. katta yer alan Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmaktadır. Laboratuarımızda mikrobiyal enfeksiyon etkenlerinin hızlı ve güvenilir tanısı amacıyla nükleik asit saptanmasına yönelik moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Bu amaçla; otomatize ve standardize edilmiş test sistemleri kullanılmaktadır. Çalışılan kitlerin tamamı CE belgelidir. Laboratuvarımızda kullanılan cihazlarda son teknolojik gelişimler takip edilmekte ve bu cihazların sürekli olarak bakım ve kalibrasyonları yapılmaktadır.
 

Moleküler Bakteriyoloji Laboratuvarı:
Moleküler Bakteriyoloji Laboratuarı Prof.Dr.Meltem Yaınay Çırak sorumluluğunda yürütülmektedir. Laboratuvar Dekanlık Binası 2. katta faaliyet göstermektedir. Laboratuvarımızda moleküler tanı testleri ile çeşitli bakterilerin tanımlanması ve genetik analizleri ve antimikrobiyal direncinin moleküler olarak saptanması yapılmaktadır. Moleküler tanı amacı ile PCR, real time-PCR, hibridizasyon sistemleri (Line probe assay) ve DNA dizi analizi kullanılmaktadır.

Moleküler tanı yöntemleri, zor ve güç üreyen mikroorganizmlardan başta Helicobacter pylori ve klaritromisin direnci, Mycobacterium tuberculosis ve diğer mikobakteri tipleri, Mycobacterium tuberculosis rifampin ve izoniyazid moleküler direnç saptanması, cinsel yolla bulaşan bakteriyel etkenlerden Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhae, atipik pnömoni etkenleri ve toplumdan kazanılmış pnömoni etkenlerinden Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae ve diğer bakterilerden Brucella türleri, Legionella pneumoniae, Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma genitalium’un tanısı ve metisilin direncinin mecA genini moleküler olarak tanımlanması ile saptanması amacıyla kullanılmaktadır. DNA dizi analizi konvansiyonel tanı testleri ile adı konulamayan mikroorganizmaların 16S rRNA bölgesinin sekans analizi yolu ile adlandırılması konusunda ve zorlayıcı tanımlanamayan enfeksiyon hastalık tanılarının aydınlatılmasında çok fayda sağlamaktadır. Laboratuvarda proje kapsamında çalışılmakta olan proteomiks çip teknoloji sistemleri bulunmaktadır. Multidisipliner projede meme, prostat ve over kanser erken evre belirleyicilerinin tanısı üzerine çalışılmaktadır.