Uygulama Araştırma

Makroskopi
Anabilim Dalı laboratuvar alanında bulunan makroskopi odasında, 3 adet makroskopi kabini bulunmaktadır. Bu kabinlere monte edilmiş dokunmatik ekranlar ve barkod okuyucular kullanılarak, tüm makroskopik tarifler hastane otomasyon sistemindeki patoloji modülüne diktasyon sistemi aracılığı ile direkt yazıya dönüştürülen sesli tarifler olarak örnekleme yapılmaktadır.
Makroskopi kabinlerinin biri endoskopik biyopsiler ve iğne biyopsilerinin örneklenmesi için ayrılmış olup bu örnekler makroskopi teknisyeni tarafından örneklenmektedir.
Makroskopi teknisyeni olarak görev yapan iki personelimiz bulunmaktadır.
Makroskopi odasında otomatik kaset yazıcı bulunmakta olup örneklemesi biten tüm organların doku kasetleri bu yazıcıda yazılmaktadır.
Makroskopi odasında ayrıca bir çeker ocak bulunmakta olup asit takibi yapılacak tüm örnekler burada takip edilmektedir.
Örneklemesi biten ancak henüz raporlanmamış ya da raporlanmış olmasına karşın en az 1 ay saklanan dokular aynı oda içerisindeki makroskopi arşiv odasında geçici süre saklanmaktadır.

Işık Mikroskopi
Anabilim Dalında 13 adet ışık mikroskobu bulunmaktadır. Bu mikroskopların 11’i rutin odalarında, 1’i laboratuvar alanında, 1’i frozen odasında kullanılmaktadır. Ayrıca bir öğretim üyemiz hariç tüm öğretim üyelerinin çalışma odalarında eğitim başlıklı birer mikroskobu bulunmaktadır.
Ayrıca, uzmanlık öğrencilerinin bireysel kullanımı için ayrılmış olan toplam 5 adet ışık mikroskobu mevcuttur.
Girişimsel radyoloji bölümünde yapılan iğne biyopsilerinin yeterliliğini değerlendirmek için kullanılan stereomikroskop biyopsi alanında kullanılmaktadır.
Toplantı odasında eğitim saatleri ve klinikopatolojik toplantılar için kullanılan 13 eğitim başlıklı bir eğitim mikroskobu ile yüksek çözünürlüklü kamera bulunan bir mikroskop daha
bulunmaktadır.
 

İmmünohistokimyasal/ Histokimyasal İnceleme
Anabilim Dalı Laboratuvar alanında bulunan immünohistokimya/histokimya laboratuvarında, toplam 2 adet otomatik histokimya boyama cihazı ile 4 adet otomatik immünohistokimya boyama cihazı bulunmaktadır. Oldukça geniş bir antikor portföyüne sahip olan laboratuvarımızda ayrıca manuel histokimyasal boyamalar da yapılmaktadır.
Kromojenik ve gümüş işaretlemeli in situ hibridizasyon (CISH ve SISH) preperatları immünohistokimya laboratuvarında hazırlanmaktadır. CISH ile EBV (EBER), yüksek ve düşük riskli HPV varlığı; SISH ile HER2 amplifikasyonu bakılabilmektedir.

İmmünfloresan İnceleme

Anabilim Dalı Arşiv alanı ile küçük rutin odasında bulunan 2 adet immünfloresan ataçmanı bulunan ışık mikroskopu rutin immünfloresan boyamaların değerlendirmesinde kullanılmaktadır. IgG, IgM, IgA, C3, C1q, C4, kappa, lambda, albümin, IgG1, IgG2, IgG3 boyamalarının değerlendirildiği laboratuvarımızda ayrıca parafin kesitten immünfloresan inceleme de yapılabilmektedir.
 

Sitoloji
Anabilim Dalı Laboratuvar alanında bulunan sitoloji laboratuvarında, yıllık olarak yaklaşık 8000 non-jinekolojik sitoloji ve yaklaşık 7500 jinekolojik sitoloji örneği hazırlanmaktadır.
Jinekolojik sitoloji (PAP smear örnekleri) sıvı bazlı sitoloji veya konvansiyonel yaymalar olarak gelmektedir. PAP boyası ile boyanmaktadır. Jinekolojik kanser ameliyatları sırasında gönderilen batın yıkama sıvıları intraoperatif konsültasyon olarak değerlendirilmektedir.
Non-jinekolojik sitoloji örnekleri hazır yayma veya sıvı olarak gelmektedir. Sıvılardan sitospin yaymalar hazırlanmakta, partiküllü, koyu kıvamlı olan sıvılardan hücre bloğu elde edilmektedir. Bu örnekler MGG, Diff Quick, PAP ve H&E ile boyanmaktadır.
Endoskopik ultrasonografi eşliğinde yapılan pankreas ve / ya da lenf bezi ince iğne aspirasyonlarının bir kısmında patolog tarafından hasta başı hızlı bakı ile yeterlilik değerlendirmesi yapılmaktadır.
Özellikle akciğer lezyonlarından (endobronşial lezyon, lenf bezleri) alınan ince iğne aspirasyon lamlarındaki ve/veya sıvılardan hazırlanan hücre bloklarındaki tümör hücrelerine yönelik moleküler çalışmalar (PCR, NGS) ile hedefe yönelik tedavi seçiminde sitolojik örneklerden sıklıkla faydalanılmaktadır.

Moleküler Tanı Yöntemleri
Moleküler Patoloji Laboratuvarı, hastanemiz zemin katında bulunmaktadır. Laboratuvarda, DNA izolasyonu, in situ hibridizasyon, jel elektrofrezi ve polimeraz zincir reaksiyonu işlemleri yapılmaktadır.
Floresan in situ hibridizasyon (FISH) için laboratuvarımızda HER2, N-MYC, 1p19q, EWSR1, ROS1, ALK, ALK/EML4, C-MET, COL1A1, MYC/CEN8, CCND1, RREB1, TFE3, FUS, FOXO1, DDIT3, MDM2, SS18, NTRK1, NTRK2, NTRK3, IRF4, MYC, BCL6, BCL2, CDKN2A, RET, TERT, HER2, CIC/DUX4, MET/CEN 7, FGFR2, IgH, malt1, MYC/ IGH, NRG1, CD274/ CEN 9, MYCN ve 11q probları bulunmaktadır. FISH değerlendirmeleri, Anabilim Dalı ofislerinin bulunduğu koridordaki odalardan birinde bulunan motorize immünfloresan mikroskobu ile değerlendirilmekte ve görüntü analizi gerçekleştirilmektedir.
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için real time PCR yöntemi ile EGFR, MSI, BRAF, K-RAS ve N-RAS gen mutasyonları değerlendirilebilmektedir.
Yeni nesil sekanslama (NGS) için İmmünoloji Anabilim Dalı laboratuvarı ile ortak kullanılan alanda DNA ve RNA temelli yeni nesil sekanslama panelleri yapılabilmektedir.